真空冷凍干燥機干燥相對于常規干燥方法，所具有的優點：
1.在干燥的時候，能夠讓許多熱敏性的物質保持其活性、性質不變。
2.在低溫下狀態進行干燥時，減少產品中的成分的流失，保持產品跟干燥前差不多。
3.在凍干過程中，使得微生物停止生長無法與酶進行反應，從而保持產品原來的性狀。
4.因為在凍結的情況下進行干燥的，所以保證產品的體積不會發生變化，保持原來的結構，不會出現濃縮的情況。
5.因為產品中的水分以冰晶的形式存在產品之中，使得水分中的無機鹽類溶解物均勻分布在產品中。避免了出現一般干燥方法中因為產品水分的流失造成表面硬化的現象。
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